軟件許可。大型服務器有更多的CPU——每個CPU的處理能力均已增強。而這導致了軟件許可成本的增加。我剛采訪的一家公司說，他們才發現軟件許可支出與CPU的數目相關，而公司新硬件的處理能耗也增加了。這兩方面成本的增加就抵消了服務器整合所帶來的眾多財務成本節約，甚至導致了成本比未實施整合時更高。
復雜性。“一臺物理服務器=一個應用軟件”這一等式每個人都能明白并掌握。然而服務器整合導致這一等式不再成立，而變化成為“一臺物理服務器=x個應用軟件或者操作系統”。這使得整合后的IT環境成為擁有上百臺服務器——而每臺服務器有其自身支持的應用軟件——的龐雜環境。隨著企業服務器整合的開展，他們需要確保對共享服務器處理器、內存和網絡帶寬管理地順利進行。
一鍵失誤。沒有一家公司愿意考慮人為失誤導致系統問題的可能。但是接錯電纜，開了錯誤的交換機或者多按了一個鍵，諸如此類的人為失誤瞬間會使整個系統癱瘓。最有效的災難恢復計劃和快速重建服務器系統的方法是實行服務器托管。
服務器虛擬化和整合很明顯節約了成本，同時也對企業IT環境有著眾多益處。但是企業同時也應了解服務器虛擬化和整合的缺陷，以便避免問題的發生。
