1.linux安裝
安裝過(guò)程就不多說(shuō)了。需要注意的是安裝時(shí)，如果機(jī)群不與外界聯(lián)網(wǎng)則可以不考慮安全
方面的因素而把rsh選為可信賴的服務(wù)，注意安裝相應(yīng)的軟件包；如果還要與外界保持聯(lián)
網(wǎng)，出于安全需要應(yīng)把ssh選為可信賴的服務(wù)。安裝以后，應(yīng)該保證各節(jié)點(diǎn)之間能夠用s
sh相互登錄。每個(gè)節(jié)點(diǎn)的sshd都應(yīng)該能正常提供服務(wù)。主機(jī)名：node1...noden (我所構(gòu)
建的系統(tǒng)n=2)
2.創(chuàng)建NFS服務(wù)
在服務(wù)器節(jié)點(diǎn)public目錄下建立mpi目錄，并將其配置成NFS服務(wù)器，在/etc/exports文
件中加入一行：
/public/mpi node1(rw) node2(rw)
在客戶端節(jié)點(diǎn)的/etc/fstab文件中增加一行：
sever :/pubilc/mpi nfs rw , bg , soft 0 0
將/public/mpi這個(gè)目錄從服務(wù)器節(jié)點(diǎn)輸出，并裝載在各客戶端，從而便于在各節(jié)點(diǎn)間分
發(fā)任務(wù)
3.修改/etc/hosts文件，將所有節(jié)點(diǎn)名稱極其ip地址填入。例如：
127.0.0.1
localhost.localdomain localhost
192.168.1.1
node1
192.168.1.2
node2
…………………….
每個(gè)節(jié)點(diǎn)都進(jìn)行類似的配置。這樣做的目的是使節(jié)點(diǎn)之間能夠通過(guò)node1 ... noden的名
稱相互訪問(wèn)。你可以通過(guò)ping noden 或 ssh noden進(jìn)行測(cè)試。
4.修改(或創(chuàng)建)/etc/hosts.equiv文件
將所有你允許訪問(wèn)本機(jī)進(jìn)行mpi計(jì)算的機(jī)器名填入，一行一個(gè)機(jī)器名。這一步是為了使節(jié)
點(diǎn)對(duì)其它的節(jié)點(diǎn)放權(quán)。
例如，我的node1是我用于啟動(dòng)mpi集群計(jì)算的機(jī)器，其他的節(jié)點(diǎn)是參與計(jì)算者，在node
1的/etc/hosts.equiv文件是這樣的：
node1 #給自己放權(quán)，這樣在只有一臺(tái)機(jī)器時(shí)也可以模擬并行計(jì)算環(huán)境
node2
.....
noden
在node2...noden的/etc/hosts.equiv文件：
node1 #對(duì)node1放權(quán)
node2
......
noden
5.修改~/.bash_profile文件
首先決定一個(gè)用于啟動(dòng)集群計(jì)算的用戶名，不提倡使用root進(jìn)行集群計(jì)算。這里在每個(gè)
節(jié)點(diǎn)上建立新用戶chief，他們的主目錄都是/home/chief，必須采用同樣的密碼，將來(lái)
的計(jì)算程序必須放在相同的路徑上。譬如你的程序?yàn)椋篺pi.f和a.out，則必須把a(bǔ).out放
在同樣的路境內(nèi)，比如~/mpirun/a.out，每個(gè)節(jié)點(diǎn)都是如此。 修改~/.bash_profile文
件，主要是加入下列幾行腳本：
export PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin
export MPI_USEP4SSPORT=yes
export MPI_P4SSPORT=22
export P4_RSHCOMMAND=rsh 或ssh
這里我們預(yù)定了將來(lái)mpich的運(yùn)行環(huán)境安裝在目錄/usr/local/mpich下面。其余的三個(gè)變
量是用來(lái)通知mpi運(yùn)行環(huán)境采用rsh(或ssh)來(lái)作為遠(yuǎn)程shell。linux的運(yùn)行環(huán)境到此就配
置完畢了。
6.配置rsh 或ssh
對(duì)于采用rsh來(lái)作為遠(yuǎn)程shell運(yùn)行MPI的用戶只要保證在各個(gè)節(jié)點(diǎn)上都具有相同的用戶，
并把這一用戶的密碼設(shè)為空密碼就可以運(yùn)行了。
若采用ssh作為遠(yuǎn)程shell則按如下配置：以你設(shè)定的用于啟動(dòng)mpi計(jì)算的用戶登錄，運(yùn)行
ssh-keygen，這將生成一個(gè)私有/公開(kāi)密鑰對(duì)，分別存放在~/.ssh/identity和~/.ssh/i
dentity.pub文件內(nèi)。然后進(jìn)行訪問(wèn)授權(quán)，運(yùn)行：
cp ~/.ssh/identity.pub ~/.ssh/authorized_keys
chmod go-rwx ~/.ssh/authorized_keys
ssh-agent $SHELL
ssh-add
在每個(gè)節(jié)點(diǎn)重復(fù)一遍。試著在某一節(jié)點(diǎn)上登錄其它節(jié)點(diǎn)，ssh noden，則在.ssh/下生成
一個(gè)known_hosts2文件，里面放著訪問(wèn)該主機(jī)的密鑰，把所有密鑰收集起來(lái)，在各個(gè)節(jié)
點(diǎn)上作同樣的拷貝。這樣做的目的是使各節(jié)點(diǎn)相互之間訪問(wèn)無(wú)需輸入密碼。
7.開(kāi)啟各項(xiàng)必需的服務(wù)
如果是以根用戶root 登陸系統(tǒng)的則可以用ntsysv命令啟動(dòng)ntsysv實(shí)用程序。ntsysv 實(shí)
用程序允許使用簡(jiǎn)單的菜單界面啟動(dòng)或關(guān)閉各種運(yùn)行等級(jí)的服務(wù)。在其中我們選擇開(kāi)啟
rsh ,rlogin,telnet等。也可以關(guān)閉一些服務(wù)以加快啟動(dòng)速度如sendmail。
如果是使用su命令轉(zhuǎn)為root用戶的則很可能運(yùn)行ntsysv并不出現(xiàn)ntsysvs實(shí)用程序。此時(shí)
可以直接去修改/etc/xinetd.d下的rlogin, rsh ,telenet的設(shè)置。用vi編輯器打開(kāi)xin
etd.d:
vi /etc/xinetd.d
則可看到如下所示的配置文件:
關(guān)于rsh的設(shè)置如下
# default: off
# description: The rshd server is the server for the rcmd(3) routine and,
# consequently, for the rsh(1) program. The server provides
# remote execution facilities with authentication based on
# privileged port numbers from trusted hosts.
service shell
{
disable = yes
socket_type = stream
wait = no
user = root
log_on_success += USERID
log_on_failure += USERID
server = /usr/sbin/in.rshd
}
關(guān)于rlogin的設(shè)置如下
# default: off
# description: rlogind is the server for the rlogin(1) program. The server
# provides a remote login facility with authentication based on
# privileged port numbers from trusted hosts.
service login
{
disable = yes
socket_type = stream
wait = no
user = root
log_on_success += USERID
log_on_failure += USERID
server = /usr/sbin/in.rlogind
}
關(guān)于telnet的設(shè)置如下
# default: off
# description: The telnet server serves telnet sessions; it uses
# unencrypted username/password pairs for authentication.
service telnet
{
disable = yes
flags = REUSE
socket_type = stream
wait = no
user = root
server = /usr/sbin/in.telnetd
log_on_failure += USERID
}
所有這些服務(wù)在安裝完系統(tǒng)之后都是默認(rèn)為禁用的，要進(jìn)行修改來(lái)打開(kāi)這些服務(wù)。如要
通過(guò)修改啟動(dòng)telenet則就需要改disable = yes為disable = no。對(duì)于其他的服務(wù)的啟
動(dòng)的修改與之相同。若啟動(dòng)這些服務(wù)則只需要簡(jiǎn)單執(zhí)行：
?。?etc/rc.d/init.d/xinetd restart
或重起計(jì)算機(jī)就可以使所作的更改生效。
C.在服務(wù)器節(jié)點(diǎn)編譯、安裝Fortran90編譯器
先將Fortran90（我用的是Intel的）編譯器拷貝至/tmp下，然后用tar xvfz fortran90
.tar.gzj解壓縮。運(yùn)行
./install
選擇你所要安裝的類型，如果你的機(jī)器是基于IA－32,就選擇1。如果你的機(jī)器是基于It
anium(TM)-based system就選擇2。如果要停止安裝，就選擇X。選擇過(guò)之后安回車進(jìn)入
下一步，此時(shí)會(huì)要求你選擇 :
1. Intel(R) Fortran Complier for 32-bit Applications,Version 6.0 build 02031
2Z
2. 2.Linux Applicationdebugger for 32-bit Applications,Version 6.0 buid 2002
0
x. Exit
按順序選擇1，2 。最后選擇X 完成安裝并退出。在選擇完1之后會(huì)要求你看版權(quán)聲明，
輸入Accept繼續(xù)安裝。默認(rèn)的安裝路徑為/opt/intel,選擇默認(rèn)路徑按Enter繼續(xù)。選2之
后的情形與1相同。如果不注冊(cè)可以用90天。
D. 在服務(wù)器節(jié)點(diǎn)編譯、安裝mpich 1.2.3
將mpich 1.2.4：ftp://ftp.mcs.anl.gov/pub/mpi/mpich.tar.gz。拷貝到一個(gè)臨時(shí)目錄
下，放在/tmp下了。用root用戶登錄進(jìn)行編譯安裝。
1. 對(duì)mpich的安裝進(jìn)行預(yù)處理：
首先，用tar xvfz mpich.tar.gz解壓。生成mpich-1.2.3目錄。切換到mpich-1.2.3目錄
。運(yùn)行預(yù)處理：
./configure --prefix=/usr/local/mpi --對(duì)應(yīng)于用rsh進(jìn)行遠(yuǎn)程登錄的系統(tǒng)
./configure --prefix=/usr/local/mpi -rsh=ssh --對(duì)應(yīng)于用ssh進(jìn)行遠(yuǎn)程登錄的
系統(tǒng)
這里我們通知編譯系統(tǒng)mpich的安裝位置為/usr/local/mpich，運(yùn)行環(huán)境的遠(yuǎn)程shell為
rsh或ssh。
2.編譯：
make
運(yùn)行此命令后mpich軟件包會(huì)自動(dòng)編譯形成MPI系統(tǒng)的函數(shù)庫(kù)，需要數(shù)分鐘的時(shí)間，根據(jù)
不同的機(jī)器可以略有不同。
3.安裝：
make install
運(yùn)行此命令可以將MPI軟件包安裝到由./configure --prefix選項(xiàng)指定MPICH安裝目錄即
/usr/local/mpi
修改文件/usr/local/mpi/share/util/machines/machines.LINUX。如下：
node1
ndoe2
......
ndoen
這一步是通知mpich運(yùn)行環(huán)境都有那些節(jié)點(diǎn)可供集群計(jì)算。每個(gè)節(jié)點(diǎn)都這樣輸入一遍。
4.測(cè)試安裝是否正確
在/usr/local/mpi/examples/basics下編譯cpi.c:
make cpi
用命令行：
．．／．．／bin/mpirun -np 2 cp
運(yùn)行。將會(huì)獲得如下信息。
Processes 0 on node1
Processes 1 on node2
……..………………..
如果能正常運(yùn)行即證明mpich軟件包安裝完全成功。
